Differenza tra AFLP e RFLP | AFLP vs RFLP

Differenze chiave - AFLP vs RFLP

Gli studi sul DNA hanno una grande importanza nella comprensione e nella determinazione dei rapporti filogenetici, nella diagnosi delle malattie genetiche e nella mappatura dei genomi dell'organismo. Diverse tecniche associate all'analisi del DNA sono utilizzate anche per l'identificazione di un particolare gene o una sequenza di DNA in un pool di DNA sconosciuto. Sono conosciuti come marcatori molecolari. Lunghezza del frammento amplificato (AFLP) e Polymorphism (RFLP) sono due marcatori molecolari sviluppati in biologia molecolare per rilevare la variazione genetica tra gli organismi. Entrambi i metodi sono altrettanto importanti e hanno vantaggi e svantaggi. La differenza fondamentale tra AFLP e RFLP è che AFLP coinvolge l'amplificazione selettiva di PCR del DNA digerito mentre RFLP non coinvolge l'amplificazione selettiva di PCR dei frammenti di DNA.

SOMMARIO

1. Panoramica e differenza chiave

2. Che cosa è AFLP

3. Che cosa è RFLP

4. Confronto laterale - AFLP vs RFLP

5. Sommario

Che cosa è AFLP?

L'AFLP (polimorfismo della lunghezza della frammentazione amplificata) è uno strumento importante nella biologia molecolare e viene ampiamente utilizzato nell'analisi genetica di variazione. L'AFLP si basa sull'amplificazione PCR specifica del DNA genomico frammentato e sulla rilevazione del polimorfismo da autoradiografi mediante elettroforesi a gel. AFLP contribuisce ampiamente a individuare le differenze genetiche nei ceppi o nelle specie strettamente correlate di vari regni, tra cui piante, animali, batteri e funghi. AFLP può essere eseguito con piccole quantità di campioni di DNA sconosciuti. Non richiede la conoscenza della sequenza precedente e la progettazione di sonde.

Passi di AFLP

Isolamento del DNA
Digestione del DNA con endonucleasi di restrizione
Ligation dei frammenti di DNA limitati con adattatori
Amplificazione selettiva dei frammenti con restrizione specifica siti
Separazione dei prodotti PCR mediante elettroforesi a gel
Visualizzazione della matrice gel per autoradiografo

AFLP è un metodo più sensibile e riproducibile che può essere utilizzato nella profilatura dei DNA di diversi taxa tra cui funghi, batteri, piante e animale senza conoscenza di sequenze di DNA. Aiuta a individuare piccole differenze tra gli individui nelle popolazioni a causa della sua natura altamente sensibile. AFLP è anche importante nella mappatura genoma, negli studi forensi, nel test genitoriale, nella genotipizzazione, ecc.

Figura 01: AFLP

Che cos'è RFLP?

Lunghezza dei frammenti di restrizione I polimorfismi (RFLPs) sono una tecnica utilizzata per rilevare le variazioni genetiche nelle sequenze di DNA omologhe.È il primo metodo sviluppato per la profilazione del DNA. Gli organismi hanno impronte digitali uniche del DNA o profili del DNA. RFLP serve come strumento importante per analizzare la variazione tra i profili di DNA di organismi intraspecifici o strettamente correlati poiché le sequenze omologhe hanno diversi siti di restrizione (località) che sono univoco ad un particolare organismo. Quando il DNA omologo viene digerito con endonucleasi specifiche di restrizione, si otterranno diversi profili del DNA che sono unici a ciascun individuo. Pertanto, il principio di questo metodo è la rilevazione della variazione genetica tra gli organismi limitando il DNA omologo con specifici enzimi di restrizione e l'analisi del polimorfismo della lunghezza di frammento mediante elettroforesi e blotting a gel. I modelli di blotting sono unici per ogni organismo e caratterizzano i genotipi specifici.

Fasi di RFLP

Isolamento di quantità sufficiente di DNA dai campioni
Frammentazione dei campioni di DNA con endonucleasi specifiche di restrizione in sequenza corta
Separazione dei frammenti ottenuti con lunghezze diverse mediante elettroforesi con agarosio gel.
Trasferimento del profilo del gel in una membrana mediante blotting del sud
Ibridazione della membrana con sonde etichettate e analisi del polimorfismo di lunghezza di frammento in ciascun profilo

RFLP è una tecnica molto importante nel rilevare l'eredità della malattia e trovare il rischio di eventi di malattia tra i membri della famiglia. RFLP è anche spesso utilizzato nella mappatura dei genomi, identificando criminali in forensics, test di paternità, etc. RFLP ha anche diverse limitazioni. RFLP richiede la conoscenza preliminare di dati di sequenza per progettare sonde per ibridazione. Essa richiede anche l'isolamento di quantità sufficiente di DNA dal campione per analizzare, che è difficile negli studi forensi.

Figura 01: mappatura RRFLP

Qual è la differenza tra AFLP e RFLP?

- diff articolo prima della tabella ->

ALFP vs RFLP
AFLP coinvolge l'amplificazione selettiva del PCR del DNA digerito.	RFLP non coinvolge PCR a meno che non sia PCR-RFLP.
Conoscenza della sequenza
La conoscenza delle sequenze precedenti non è necessaria.	La conoscenza della sequenza precedente è richiesta per le sonde RFLP progettate.
Affidabilità
Questo è più affidabile.	Questo è meno affidabile rispetto a AFLP.
Efficienza nel rilevamento del polimorfismo
Questo ha una maggiore efficienza nel rilevare il polimorfismo di RFLP.	Ciò è meno efficiente rispetto a AFLP.
Costo
Questo è un po 'costoso rispetto al RFLP.	Questo è meno costoso rispetto ad AFLP.
Applicazioni
Gli AFLPs sono stati applicati alla mappatura dei genomi, alle impronte digitali del DNA, agli studi di diversità genetica, ai test di paternità e alle forense	L'analisi RFLP è uno strumento importante nella mappatura dei genomi, localizzazione dei geni per i disturbi genetici, malattia e test di paternità.

Sommario - AFLP vs RFLP

AFLP e RFLP sono due tecniche utilizzate come marcatori genetici per la valutazione della diversità e la valutazione delle relazioni genetiche nella biologia molecolare.AFLP serve come metodo efficiente e sensibile per la rilevazione di polimorfismi genetici tra organismi rispetto a RFLP. Tuttavia, sebbene entrambi questi metodi abbiano diverse efficienze nel rilevare le variazioni genetiche, esse sono ancora utilizzate per la digitalizzazione di dati e la diagnosi delle malattie.

Riferimento:

'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaia O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. e Anete P. De Souza. "Confronto di marcatori RAPD, RFLP, AFLP e SSR per studi sulla diversità nelle linee inbred tropicali di mais. "Genetica e Biologia Molecolare. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 marzo 2017

2. "Polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione (RFLP). "Centro Nazionale per le Informazioni sulla Biotecnologia. U. S. Biblioteca Nazionale di Medicina, n. d. Web. 19 marzo 2017

3. Masiga D. K. e Turner C. M. (2004). "Analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento amplificato (restriction) (AFLP)". Methods Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 marzo 2017

Immagine per gentile concessione:

1. "ALFP" di Barbarossa in Wikipedia olandese - Trasferito da nl. wikipedia in generale. (Public Domain) via Wikimedia Commedia

2. "Mapping RFLP" da Retama - lavoro proprio (GFDL) via Commons Wikimedia