Differenza tra Maxam Gilbert e Sanger Sequencing | Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing
Differenze chiave - Maxam Gilbert vs sequenziamento di Sanger
I nucleotidi sono le unità strutturali di base e gli elementi costitutivi del DNA. La molecola del DNA è composta da una catena di polinucleotide. Nel DNA sono presenti quattro nucleotidi diversi. Questi nucleotidi sono composti da quattro diverse basi azotate denominate A (adenina), G (guanina), C (citosina), T (timoina). L'ordine dei nucleotidi nella molecola del DNA ha una grande importanza in quanto codifica un'importante informazioni genetiche per la crescita e lo sviluppo degli organismi. Il sequenziamento del DNA si riferisce al processo che determina la precisa sequenza nucleotidica del DNA. Ci sono diversi metodi di sequenziamento del DNA. Il sequenziamento di Maxam Gilbert e il sequenziamento del DNA di Sanger sono due metodi di sequenziamento del DNA che appartengono alla sequenza di prima generazione. La procedura di sequenziamento di Maxam Gilbert determina la sequenza di base mediante la separazione chimica dei frammenti del DNA a 5 ', preferibilmente in ciascuno dei quattro nucleotidi e dell'elettroforesi a gel. La procedura di sequenziamento di Sanger determina la sequenza dei nucleotidi sintetizzando il DNA monotubo utilizzando DNA polimerasi e dideossinucleotidi e elettroforesi gel. Questa è la differenza fondamentale tra Maxam Gilbert e Sanger Sequencing.
SOMMARIO
1. Panoramica e differenza chiave
2. Che cosa è Maxam Gilbert
3. Che cosa è Sanger Sequencing
4. Confronto laterale - Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing
5. Riepilogo
Che cosa è Maxam Gilbert Sequencing?
Il sequenziamento di Maxam Gilbert, noto anche come metodo di sequenziamento chimico , è una tecnica che è stata sviluppata per determinare l'ordine dei nucleotidi nel DNA. Questo metodo è stato introdotto da Walter Gilbert e Alan Maxam nel 1976 ed è diventato popolare in quanto può essere eseguito direttamente con DNA purificato. Il metodo Maxam Gilbert appartiene alla prima generazione del sequenziamento del DNA ed è stato il primo metodo di sequenziamento utilizzato ampiamente dagli scienziati.
Il principio di base di questo metodo consiste nella restrizione dei frammenti di DNA etichettati a base specifica mediante sostanze chimiche e condizioni specifiche di base e separazione dei frammenti etichettati mediante elettroforesi come mostrato in figura 01. I frammenti vengono separati secondo le loro dimensioni sul gel. Poiché i frammenti sono etichettati, la sequenza della molecola del DNA può essere facilmente dedotta.Il metodo Maxam gilbert utilizza sostanze chimiche specifiche di base per rompere il DNA a basi specifiche. Due sostanze chimiche comuni denominate dimetil solfato e idrazine sono utilizzate per attaccare selettivamente rispettivamente purine e pirimidine.
Purificazione della sequenza di DNA usando endonucleasi di restringimento
- Etichettatura delle estremità dei frammenti di DNA aggiungendo fosfati radioattivi
- Purificazione dei frammenti etichettati da frammenti non etichettati mediante elettroforesi a gel
- Separazione della fine- DNA etichettato in quattro tubi e trattato con sostanze chimiche specifiche di base separatamente
- Elettroforesi del contenuto di ciascun tubo su linee separate su un gel e separazione di frammenti secondo la loro lunghezza.
- Rilevazione dei frammenti autoradiografici.
- Figura 01: Sequencing Maxam Gilbert
Che cosa è Sanger Sequencing?
Sanger Sequencing è un metodo di sequenziamento sviluppato da Frederick Sanger e dai suoi colleghi nel 1977 per determinare la sequenza di base di un determinato frammento di DNA. È anche conosciuto come
la sequenza di terminazione di catena o il metodo di sequenza di Dideoxy. Questo metodo funziona sul principio di incorporazione selettiva di dideoxinucleotidi terminanti a catena (ddNTPs) come ddGTP, ddCTP, ddATP e ddTTP mediante DNA polimerasi durante la sintesi di DNA a singolo filamento per terminare la formazione di filamenti. I dideossinucleotidi non dispongono di gruppi 3 'OH per la formazione di legami di fosfodiestere con nucleotide adiacente. Quindi, la formazione del filo interrompe una volta che un ddNTP è incorporato nel nuovo filamento durante la sequenza di sangue. In questo metodo, quattro reazioni separate di sintesi del DNA (PCR) vengono eseguite in quattro tubi separati con un tipo di ddNTP. Altri requisiti sono forniti anche per i tubi per PCR, inclusi primer, dNTPs, Taq polimerasi, condizioni specifiche, ecc. Quattro reazioni separate vengono eseguite in quattro tubi con quattro miscele. Dopo le reazioni di PCR, i frammenti di DNA risultanti vengono denaturati termicamente e separati mediante elettroforesi a gel. Quindi i frammenti vengono visualizzati utilizzando un primer o un dNTP etichettato (radioattivo o fluorescente) come mostrato nella figura 02.
Figura 02: Sanger Sequencing
Qual è la differenza tra Maxam Gilbert e Sanger Sequencing?
- differenza articolo prima della tabella ->
Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing
Il sequenziamento di Maxam Gilbert è la prima tecnica sviluppata per il sequenziamento del DNA. |
|
| Il metodo di sequenziamento Sanger è stato introdotto dopo il metodo di sequenziamento Maxam Gilbert. | Uso |
| Questo metodo viene raramente utilizzato. | |
| La sequenza di Sanger viene usata abitualmente per la sequenza. | Uso di sostanze chimiche pericolose |
| Utilizza prodotti chimici pericolosi. | |
| L'uso di sostanze chimiche pericolose è limitato rispetto al metodo Maxam Gilbert. | Etichettatura per la rilevazione |
| Questo metodo utilizza P | |
| 32 radioattivi per l'etichettatura delle estremità dei frammenti di DNA. La sequenza di Sanger utilizza ddNTP con etichettatura radioattiva o fluorescente. Sommario - Maxam Gilbert vs Sequencing Sanger | Il sequenziamento di Maxam Gilbert e Sanger sono due tipi di tecniche di sequenziamento del DNA che entrano in sequenza di DNA di prima generazione.Il sequenziamento di Maxam Gilbert è il primo metodo introdotto per il sequencing del DNA nel 1976, e viene eseguito rompendo i frammenti di DNA con etichetta terminali da sostanze chimiche specifiche di base. Quindi, è conosciuto come sequenziamento chimico. Il metodo di sequenziamento di Sanger è stato introdotto nel 1977 e si basa sulle reazioni di terminazione catena driven da ddNTP. Metodo di sequenziamento Sanger più popolare rispetto al metodo Maxam Gilbert a causa di diversi svantaggi del metodo Maxam Gilbert come consumo eccessivo, uso di sostanze chimiche pericolose ecc. Questa è la differenza tra il sequenziamento di Maxam Gilbert e Sanger. |
Riferimenti:
1. Maxam, A. M e Walter Gilbert. "Un nuovo metodo per sequenziare il DNA. "Atti dell'Accademia Nazionale delle Scienze. National Acad Sciences, 9 dic. 1976. Web. 30 marzo 2017
2. Heather, James M. e Benjamin Chain. "La sequenza dei sequenziatori: La storia del sequenziamento del DNA. "Genomica. Academic Press, gennaio 2016. Web. 30 Marzo 2017
3. Pareek, Chandra Shekhar, Rafal Smoczynski e Andrzej Tretyn. "Tecnologie di sequenziamento e sequenziamento del genoma. "Journal of Applied Genetics. Springer-Verlag, novembre 2011. Web. 30 Mar. 2017
Immagine per gentile concessione:
1. "Maxam gilbert sequencing" Da diversi tempi in Wikipedia in lingua inglese (CC BY 3. 0) tramite Wikimedia Wikimedia
2. "Sanger-sequencing" Da Estevezj - Il lavoro personale (CC BY-SA 3. 0) via Wikimedia Commedia
