Differenza tra RT PCR e QPCR | RT PCR vs QPCR

Differenza chiave - RT PCR vs QPCR

La reazione della catena polimerasi è una tecnica utilizzata per amplificare una regione specifica del DNA in vitro. A causa dell'invenzione di questa tecnica da parte di Kary Mullis nel 1983, gli scienziati sono in grado di fare migliaia di milioni di copie di particolari frammenti di DNA per scopi di ricerca. Attualmente è diventata una tecnica comune e rigorosamente eseguita nei laboratori clinici e di ricerca per una vasta gamma di applicazioni. Ci sono variazioni della tecnica PCR tradizionale come RT PCR, PCR nidificati, PCR multiplex, Q PCR, RT-QPCR, ecc. RT PCR e Q PCR sono due importanti varianti di PCR. La differenza chiave tra RT PCR e Q PCR è che RTR PCR viene utilizzato per rilevare l'espressione genica attraverso la creazione di trascrizioni DNA complementari (cDNA) dall'RNA mentre Q PCR viene utilizzato per misurare quantitativamente i prodotti PCR in tempo reale utilizzando coloranti fluorescenti.

SOMMARIO

1. Panoramica e differenza chiave

2. Che cosa è RT PCR

3. Che cosa è QPCR

4. Confronto laterale - RT PCR vs QPCR

5. Riepilogo

Che cosa è RT PCR?

La reazione a catena della polimerasi di trascrizione a ritorno (RT PCR) è una variante di PCR che viene usata per rilevare l'espressione di RNA. È un metodo molto importante per rilevare l'espressione di mRNA nei tessuti. RTR PCR viene impiegata quando il materiale di partenza del campione è RNA. In RTRRR, la template mRNA viene prima convertita in DNA complementare. Questa fase è catalizzata dalla transcriptasi inversa dell'enzima e il processo è conosciuto come trascrizione inversa. In secondo luogo, il PCR tradizionale è impiegato per il cDNA recentemente sintetizzato per l'amplificazione.

RTR è una tecnica altamente sensibile che richiede una quantità relativamente ridotta di campioni di RNA. RTR PCR è comunemente usato nella diagnosi e nella quantificazione delle specie RNA, in particolare virus RNA come virus dell'immunodeficienza umana e virus dell'epatite C.

Figura 01: Tecnica PCR RT

Che cosa è QPCR?

PCR quantitativo (QPCR) è una variante di PCR che viene usata per misurare quantitativamente i prodotti PCR. Viene anche indicato come reazione a catena della polimerasi in tempo reale poiché misura l'amplificazione del tempo reale utilizzando una macchina PCR in tempo reale. È un metodo adatto per determinare la quantità di una sequenza o gene prescritti presenti in un campione. La caratteristica interessante di QPCR è che combina sia l'amplificazione che la vera quantificazione in un solo passo. Pertanto, la necessità di elettroforesi in gel per la rilevazione può essere eliminata mediante tecnica QPCR. QPCR utilizza coloranti fluorescenti per etichettare i prodotti PCR durante le reazioni PCR che portano alla quantificazione diretta.Quando i prodotti PCR si accumulano, anche i segnali fluorescenti vengono accumulati e verranno misurati dalla macchina in tempo reale. QPCR può essere combinato con RT PCR. È conosciuto come RT-QPCR o QRT-PCR ed è considerato come un metodo più potente, sensibile e quantitativo per la rilevazione dei livelli di RNA nelle cellule o nei tessuti.

SYBR Green e Taqman sono due metodi utilizzati per rilevare o guardare il processo di amplificazione del PCR in tempo reale. Il metodo SYBR Green viene eseguito usando un colorante fluorescente chiamato verde SYBR e rileva l'amplificazione legando il colorante per produrre DNA a doppio filamento. Taqman viene eseguito utilizzando sonde a doppia etichetta e rileva l'amplificazione mediante degradazione della sonda da parte di Taq polimerasi e rilasci del fluoroforo come mostrato nella figura 02. Entrambi i metodi controllano l'avanzamento del processo di amplificazione e riportano la quantità del prodotto in tempo reale.

La PCR in tempo reale presenta una vasta gamma di applicazioni quali la quantificazione dell'espressione genica, l'analisi di RNA a microRNA e non codificante, la genotipizzazione SNP, la rilevazione di varianti di copia, la rilevazione di mutazioni rare, la rilevazione di organismi geneticamente modificati, la rilevazione di agenti infettivi ecc..

Figura 02: Tecnica quantitativa PCR

Qual è la differenza tra RT PCR e QPCR?

- PCR vs RT QPCR

RT PCR è una tecnica utilizzata per rilevare l'espressione genica mediante amplificazione.
QPCR è una tecnica che amplifica il DNA e quantifica i prodotti PCR in tempo reale.	Involvement of Reverse Transcriptase Enzyme
La transcriptasi inversa enzimatica viene utilizzata per RTR PCR.
La transcriptasi inversa enzimatica non viene utilizzata per QPCR.	Uso di molecole etichettate a fluorescenza
Tinture o sonde etichettate con fluorescenza non vengono utilizzate per RTR PCR.
Per QPCR vengono utilizzati coloranti o sonde con fluorescenza.	Quantificazione del prodotto PCR
Se non accoppiato con QPCR, RT PCR non quantifica il prodotto PCR.
QPCR misura quantitativamente il prodotto PCR.	Materiale di partenza
Il materiale di partenza è mRNA.
Il materiale iniziale è il DNA.	Sintesi di cDNA
Il DNA complementare viene prodotto durante il PCR RT.
Il DNA complementare non viene prodotto durante QPCR.	Sommario - RT PCR vs QPCR

RT PCR e QPCR sono due versioni di PCR tradizionali. La tecnica RT PCR viene eseguita per i campioni di mRNA ed è guidata dalla trascrizione inversa e dalla produzione di cDNA. QPCR viene utilizzato per quantificare i prodotti PCR durante i cicli termici PCR in tempo reale utilizzando coloranti fluorescenti o sonde etichettate. In QPCR, la quantità di prodotto PCR è rappresentata dai segnali fluorescenti emessi dal campione. RTR PCR viene usata popolarmente come un processo di amplificazione mentre QPCR è comunemente usato come processo di quantificazione. Questa è la differenza tra RT PCR e QPCR.

Riferimenti:

1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo e GK Agrawal. "PCR in tempo reale: rilevazione rivoluzionante e analisi di espressione dei geni. "Genomica corrente.Bentham Science Publishers Ltd., giugno 2007. Web. 03 Apr. 2017

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Immagine per gentile concessione:

1. "Taqman" Per Utente: Braindamaged - Lavoro personale del creatore originale (Public Domain) via Wikimedia Commedia

2. "Reazione a catena della polimerasi di trascrizione inversa" By Jpark623 - Il lavoro personale (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commedia