Differenza tra SYBR Green e Taqman | SYBR Green vs Taqman

Differenza chiave - SYBR Green vs Taqman

SYBR Green e Taqman sono due metodi utilizzati per rilevare o guardare il processo di amplificazione di PCR in tempo reale. SYBR Green è un metodo basato sul colorante intercalante di colorazione dell'acido nucleico mentre Taqman è un metodo basato sulla sonda di idrolisi. Entrambe le tecnologie sono progettate per generare fluorescenza durante il PCR, che consente a PCR in tempo reale di monitorare la reazione in "tempo reale". Il metodo SYBR Green viene eseguito usando un colorante fluorescente chiamato verde SYBR e rileva l'amplificazione legando il colorante al DNA a doppio filamento prodotto. Taqman viene eseguito usando sonde a doppia etichetta e rileva l'amplificazione mediante degradazione della sonda da Taq polimerasi e rilasci del fluoroforo. Questa è la differenza fondamentale tra SYBR Green e Taqman.

SOMMARIO

1. Panoramica e differenza chiave

2. Che cosa è SYBR Green

3. Che cosa è Taqman

4. Confronto laterale - SYBR Green vs Taqman

5. Riepilogo

Che cosa è SYBR Green?

SYBR Green è un colorante fluorescente utilizzato per la colorazione degli acidi nucleici, in particolare il DNA a doppio filamento in Biologia Molecolare. Il metodo SYBR Green viene utilizzato per quantificare i prodotti PCR durante il PCR in tempo reale. Una volta che si lega con il DNA, il complesso DNA-colorante risultante assorbe la luce blu e emette una luce verde intensa. Ciò accade a causa del cambiamento strutturale che si verifica nella molecola dei coloranti dopo il legame con il DNA a doppio filamento. Quando PCR crea sempre più DNA, più molecole di coloranti si legano con il DNA, generando più fluorescenza. Pertanto, la fluorescenza aumenta con l'accumulo del prodotto PCR. Quindi, la quantità di prodotto PCR può essere misurata quantitativamente dal rilevamento di fluorescenza verde SYBR Green.

Il colorante verde SYBR può essere utilizzato anche per l'etichettatura del DNA in citochimica e microscopia fluorescente. Il bromuro di etido è stato sostituito con successo da SYBR Green poiché Ethidium bromide è un colorante cancerogeno con problemi di smaltimento durante la visualizzazione del DNA nell'elettroforesi a gel.

Ci sono vantaggi e svantaggi del metodo verde SYBR. Questo metodo è molto sensibile, poco costoso e facile da usare. Tuttavia, per la sua capacità di legarsi a qualsiasi DNA a doppio filamento, il legame non specifico può portare ad una sovra quantificazione del prodotto PCR.

Figura 01: Tecnica verde SYBR

Che cos'è Taqman?

Taqman è un metodo alternativo a SYBR Green per monitorare il processo in tempo reale PCR. Questo metodo dipende dall'attività di esonucleasi 5'-3 'di enzima Taq polimerasi per degradare le sonde durante l'estensione del nuovo filamento e rilascio di fluoroforo.Sonde a doppia etichetta vengono utilizzate in questo metodo e si basano sull'idrolisi delle sonde. I saggi sono oligonucleotidi del DNA a fluorescenza con una molecola reporter fluorescente (fluoroforo) alla fine del 5 'e una molecola di quencher all'estremità 3'. Essi sono progettati per legarsi al modello a singola flangia sul lato opposto delle annee primarie. Taq polimerasi aggiunge nucleotidi al primer e estende il nuovo filo verso le sonde a doppia etichetta. Una volta che la polimerasi Taq incontra la sonda, l'azione dell'esonuclease della Taq polimerasi attiva e degrada la sonda. Una volta completata la sintesi del nuovo filamento, la sonda viene sottoposta a degradazione completa e rilascia il fluoroforo. Il rilascio del fluoroforo genera la fluorescenza. La molecola Fluorescente Quencher smorza efficacemente la luce emessa e crea l'uscita per la quantificazione del prodotto PCR. Il rilascio dei fluorofori e la quantità dei prodotti PCR sono proporzionali. Quindi, la quantificazione può essere facilmente effettuata con il metodo di Taqman.

Il metodo Taqman è utilizzato in PCR in tempo reale, la quantificazione dell'espressione genica, la rilevazione di polimorfismi genetici, la quantificazione delle delezioni del DNA cromosomico, l'identificazione batterica, la verifica dell'analisi microarray, la genotipizzazione SNP ecc Qual è la differenza tra SYBR green e Taqman?

- articolo diffetto prima della tabella ->

SYBR Green vs Taqman

SYBR Green si basa sul colorante vincolante del DNA.

Taqman dipende da sonde di ibridazione e da 5 'a 3' attività di esonucleasi di Taq polimerasi.
Sonde fluorescenti con etichetta	Non sono necessarie sonde con etichetta a fluorescenza.
Sono necessarie sonde a doppia etichetta.
Analisi genica multipla	Non può essere utilizzata per i bersagli genitali multiplex.
Può essere utilizzato per i bersagli genitali multiplex.
Costo	Questo è meno costoso.
Questo è più costoso.
Specificità	Questo è meno specifico e si lega con qualsiasi DNA a doppio filamento
Questi sono altamente specifici poiché le sonde rilevano i prodotti specifici di amplificazione.
Efficacia	Ciò è meno efficace.
Questo è molto efficace.
Applicazione	Questo è utilizzato in PCR in tempo reale, visualizzazione del gel agarosio, etichettatura del DNA ecc.
Questo è utilizzato in PCR in tempo reale, quantificazione dell'espressione genica, rilevamento di polimorfismi genetici, ecc. Riepilogo - SYBR Green e Taqman
Taqman e SYBR green sono due metodi impiegati in PCR in tempo reale (PCR quantitativo). Entrambi i metodi consentono di quantificare efficacemente il prodotto PCR e di affidarsi all'emissione della fluorescenza. Il metodo Taqman utilizza sonde a doppia etichetta per la rilevazione del DNA accumulato, mentre il metodo SYBR Green utilizza un colorante fluorescente. Entrambi questi metodi hanno anche diverse applicazioni nella biologia molecolare.	Riferimento:

1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour e Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Confronto dei metodi SYBR Green e TaqMan in analisi quantitativa di reazione a catena polimerasi in tempo reale di quattro sottotipi del recettore di adenosina."Ricerca Biomedica avanzata. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 marzo 2017.

2. "Principali principi PCR in tempo reale. "Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primer & Mastermix: Primerdesign Ltd. N. pag., n. d. Web. 13 marzo 2017.

3. "SYBR Green e altri colori PCR Real-Time. "Biocompare. N. p., 05 apr 2010. Web. 14 marzo 2017

Immagine per gentile concessione:

1. "PCR con SYBR green" By -Ygonaar 23: 09, 7 marzo 2006 (UTC) - È un grafico creato da Ygonaar con Power point, CC BY-SA 3. 0, // commons. Wikimedia. org / w / index. php? curid = 619.528

2. "Taqman" Per Utente: Braindamaged - Lavoro proprio (Public Domain) via Wikimedia Commedia