Differenza tra cDNA e Biblioteca Genomica | cDNA vs Biblioteca del DNA genomico
Differenza chiave - cDNA vs Biblioteca Genomica Ci sono due tipi principali di librerie di DNA costruite dagli scienziati utilizzando tecniche di ingegneria genetica. Queste sono la biblioteca cDNA e la biblioteca genomica. La differenza
tra la cDNA e la biblioteca genoma è che la libreria cDNA contiene il DNA complementare clonato di mRNA totale di un organismo mentre la biblioteca genomica del DNA contiene i frammenti clonati dell'intero genoma di un organismo. La libreria genomica del DNA è più grande della libreria cDNA. SOMMARIO
1. Panoramica e differenza chiave2. Cos'è la libreria cDNA
3. Cos'è la Biblioteca Genomica
4. Confronto laterale - cDNA vs Biblioteca Genomica
5. Sommario
Cos'è una biblioteca genomica?
Una libreria genomica del DNA è una raccolta di cloni che recano i frammenti del DNA genomico totale di un organismo. Contiene l'intero DNA genomico di questo organismo, compresa la sequenza di codifica e non codifica. La costruzione di una libreria genomica viene eseguita dalla tecnologia del DNA ricombinante seguita dalla clonazione (ingegneria genetica). Ci sono diversi passi coinvolti nella costruzione come mostrato in figura 01. Il processo inizia con l'isolamento genomico del DNA. Usando un adeguato protocollo di estrazione del DNA, deve essere isolato il DNA genomico totale di un organismo. Quindi il DNA deve essere convertito in dimensioni gestibili o nei frammenti specifici mediante endonucleasi di restrizione (enzimi di taglio del DNA). Il DNA frammentato dovrebbe essere inserito in vettori usando ligasi del DNA (enzimi che si uniscono al DNA). Un vettore è un organismo auto-replicante. I plasmidi ei batteriofagi sono comunemente usati vettori nella tecnologia del DNA ricombinante. Questi vettori ligati sono conosciuti come molecole del DNA ricombinante in quanto trasportano sia sequenze di DNA proprie che inserite. Varianti ricombinanti vengono aggiunti a un batterio ospitante e fatti per assorbire i vettori ricombinanti all'interno della cellula batterica. I batteri con vettori ricombinanti (plasmidi) dovrebbero essere coltivati in un terreno di coltura. Durante la moltiplicazione batterica, il DNA batterico, insieme ai plasmidi ricombinanti, replica i loro genomi e produce cloni. Questi cloni contengono l'intero genoma dell'organismo di origine. Quindi, si chiama biblioteca genomica. I plasmidi possono essere facilmente separati dal DNA cromosomico batterico per costruire la libreria genomica di tale organismo. Se un organismo particolare contiene geni interessati, è facile rilevarlo nella libreria genomica mediante ibridazione utilizzando sonde molecolari (marcatori).
Le biblioteche genomiche sono importanti per studiare la struttura e la funzione genomica, i geni specifici, la localizzazione genica, la mappatura genica, le mutazioni, il sequenziamento genico, l'identificazione di nuovi geni terapeutici ecc.
Figura_1: Costruzione di un biblioteca genomica
Che cos'è una libreria cDNA?
Una libreria cDNA è una raccolta di cloni complementari di DNA (cDNA) sintetizzati dal mRNA totale di un organismo. La procedura di costruzione prevede passi diversi. La purificazione di mRNA totale da un organismo è il primo passo coinvolto. Gli mRNA isolati vengono convertiti in fili cDNA mediante un processo chiamato trascrizione inversa. La trascrizione inversa è facilitata da un enzima chiamato reverse transcriptase. Utilizza un piccolo primer 3 'e inizia la sintesi della prima fascia cDNA complementare al filamento mRNA di template. I cDNA a doppio filamento risultanti vengono convertiti in frammenti più piccoli usando endonucleasi di restrizione e inseriti in idonei vettori. Queste molecole ricombinanti costruite vengono quindi aggiunte in un organismo ospite e coltivate in un terreno di coltura per produrre cloni. La raccolta di cloni contenenti frammenti di cDNA di un organismo è conosciuta come una libreria di cDNA. Il mRNA maturo completamente affettato non contiene intron e regioni regolatorie. Pertanto frammenti non codificanti non sono presenti nelle librerie cDNA a differenza di una libreria genomica.
le librerie cDNA sono importanti per l'analisi delle regioni codificanti, le funzioni geniche, l'espressione di geni ecc.Figura2: Costruzione di una libreria cDNA
Qual è la differenza tra cDNA e Biblioteca Genomica?
cDNA vs Biblioteca Genomica
La libreria cDNA è una raccolta di cloni che recano il DNA complementare al mRNA di un organismo
La biblioteca genomica è una raccolta di cloni che portano il DNA totale genomico di un organismo.
codifica vs sequenze non codifiche |
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| la libreria cDNA contiene solo le sequenze di codifica; non contiene introni. | La biblioteca genomica è costituita dall'intero DNA genomico compreso il DNA non codificante (intron e regolatore). |
| Dimensione | |
| La libreria cDNA è piccola. | La biblioteca genomica è grande. |
| Materiale di partenza | |
| Il materiale di partenza è mRNA | Il materiale di partenza è DNA. |
| Coinvolgimento della trascrizione inversa. | |
| La trascrizione inversa avviene nella prima sintesi del cDNA. | La transcrizione inversa non accade. |
| Sommario - cDNA e Biblioteca Genomica | |
| La libreria genomica rappresenta una popolazione di cloni che recano il DNA genomico totale frammentato di un organismo. La biblioteca cDNA rappresenta la popolazione di cloni contenenti DNA complementare del mRNA totale di un organismo. Un clone cDNA contiene solo le sequenze trovate in mRNA mentre il clone genomico contiene le sequenze dell'intero genoma. Questa è la differenza tra cDNA e libreria genomica. | Riferimento: |
1. Haneef, Deena T KochunniJazir. "Differenza tra biblioteca genomica e cDNA. "Differenza tra biblioteca genomica e cDNA. N. p., n. d. Web. 15 feb.2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git e Francesco Falciani. "Il confronto dell'espressione genica da più cDNA Libraries. "Ricerca genomica. Cold Spring Harbor Laboratory Press, dicembre 2000. Web. 16 feb. 2017
3. "Schermate della libreria genomica per i geni coinvolti nella tolleranza n-butanolo in Escherichia coli. "Schermate della libreria genomica per i geni coinvolti nella tolleranza n-butanolo in Escherichia coli. N. p., n. d. Web. 16 feb. 2017
Immagine per gentile concessione:
1. "Formazione di una cDNA Library" Da PhD Dre in lingua inglese Wikipedia (CC BY-SA 3. 0) via Wikimedia Commedia
2. "La costruzione di una biblioteca genomica" da Aluquette - Il proprio lavoro (CC BY-SA 3. 0) via Wikimedia Commedia
