Differenza tra Benzonasi e DNase | Benzonase vs DNase

Differenza - Benzonasi vs DNasi

La degradazione degli acidi nucleici è importante per molte tecniche di biologia molecolare. È ampiamente usato nella tecnologia del DNA ricombinante per sbarazzarsi di frammenti indesiderati di DNA e RNA. Gli enzimi degradanti dell'acido nucleico sono indicati come Nucleasi e possono essere di diversi tipi basati sulla funzione richiesta. Le nucleasi che degradano il DNA sono note come DNasi mentre quelle che degradano l'RNA sono RNasi note. Questi enzimi vengono utilizzati per lo più in

in vitro esperimenti in cui sono stati effettuati test molecolari in vitro per isolare DNA, RNA o proteine ​​puro. Benzonasi sono un tipo di nucleasi che degradano sia il DNA che l'RNA mentre DNasi degradano solo il DNA. Questa è la differenza fondamentale tra Benzonase e DNase.

SOMMARIO

1. Panoramica e differenza chiave

2. Che cosa è Benzonase

3. Che cosa è DNase

4. Somiglianze tra benzonasi e DNase

5. Confronto laterale - Benzonasi vs DNase in forma tabulare

6. Sommario

Che cosa è Benzonase?

Benzonasi è un'endonucleasi geneticamente modificata da

Serratia marcescens. Questo enzima viene prodotto in E. coli ospita in scala industriale. Benzonasi è in grado di separare DNA a doppio filamento, DNA lineare, DNA circolare e RNA a singolo filamento. Benzonasi è quindi commercialmente importante. L'enzima di benzonasi è un dimero proteico che ha 245 aminoacidi identici, ~ 30 kDa subunità con due legami disolfuro essenziali. La benzonasi elabora gli acidi nucleici alla sua estremità 5 e ne produce frammenti con 5'espiù liberi. Benzonasi può bloccare gli acidi nucleici in qualsiasi sequenza, ma preferisce regioni ricche di GC.

La benzonasi è conservata a -20

0 ^{C. Il pH ottimale per l'attività enzimatica si trova 8. 0 - 9. 2. Le applicazioni di Benzonasi includono la preparazione del campione per l'elettroforesi a gel di proteina 2D dove la benzonasi rimuove gli acidi nucleici legati e la rimozione dei contaminanti dell'acido nucleico dai preparati proteici ricombinanti. Viene utilizzato anche per ridurre la viscosità degli estratti di proteine ​​e prevenire l'assorbimento delle cellule in una miscela cellulare.}

Che cosa è DNase?

DNase è un enzima di nucleasi, idrolitico che è in grado di separare il DNA a doppio filamento. Esistono due tipi principali di DNasi: DNase I e DNase II. DNase I partecipa al DNA a doppio filamento per produrre polinucleotidi con 5 'estremi liberi. DNase II è coinvolto nella separazione del DNA a doppio filamento per produrre fili di polinucleotide con 3 'estremi liberi o sovrapposizioni.

DNasi I

La DNasi I funziona ad un pH ottimale tra 7. 0 - 8. 0. L'attività enzima dipende da molti cofattori ionici che includono Ca

2+ ^{, Mg} 2 + ^{o Mn} 2+ ^{. L'attività di Mg} 2+ ^{e Mn} 2+ ^{determina la funzione della DNasi I. In presenza di Mg} 2+ ^{, DNasi I elimina ogni filamento di dsDNA indipendentemente. Ciò avviene in modo casuale. Al contrario, in presenza di Mn} 2+, ^{l'enzima cava entrambi i fili di DNA in circa lo stesso sito. Questa scissione comporterà la produzione di due tipi di frammenti di DNA; un tipo con estremità sbarrate e un altro tipo con uno o due sovrastampi nucleotidi.} Figura 02: DNase

DNase II

La DNasi II funziona ad un pH ottimale di 4. 5-5. 0 e ioni metallici bivalenti sono necessari per la sua attività, simile a DNasi I. Il meccanismo di DNasi II è noto per essere costituito da tre fasi principali.

La rottura di un singolo fascio singolo viene indotta nel DNA del bacino.

1. Generano nucleotidi solubili e oligonucleotidi solidi acidi.
2. Lo spostamento ipercolico non lineare avviene nell'ultima fase.
3. I principali inibitori dell'enzima di DNase includono chelatori metallici, metalli di transizione e sostanze chimiche come dodecil solfato di sodio e β-mercaptoetanolo.

Le principali applicazioni di DNase includono la preparazione di estratti di RNA senza DNA e estratti di proteine ​​e la rimozione del template DNA durante gli esperimenti di trascrizione in vitro.

Quali sono le somiglianze tra benzonasi e DNase?

Entrambi sono enzimi idrolitici.

• Entrambe sono nucleasi.
• Entrambi partecipano tagliando i legami di fosfodiestere degli acidi nucleici.
• Entrambi richiedono una temperatura ottimale e temperature di conservazione per mantenere l'attività dell'enzima.
• Gli inibitori degli enzimi includono agenti chelanti, metalli di transizione e prodotti chimici detergenti.
• Le applicazioni sono principalmente focalizzate sull'ottenere estratti di purezza di DNA, RNA e proteine.
• Entrambi gli enzimi possono essere prodotti mediante l'ingegneria genetica.
• Qual è la differenza tra Benzonasi e DNase?

Benzonasi è un enzima capace di separare il DNA a doppio filamento, il DNA lineare, il DNA circolare e l'RNA.

DNase è un enzima capace di separare il DNA a doppio filamento.

Substrato per l'enzima
Sia il DNA sia l'RNA sono substrati per la benzonasi.	Il DNA è il substrato di DNase.
Struttura
Gamma ottimale di pH di Benzonasi è 7. 0 -8. 0	I valori ottimali di pH di DNasi I sono 7. 0 - 8. 0 e DNasi II è 4. 5 - 5. 0.
Sommario - Benzonasi vs DNasi
Gli enzimi di nuclease sono ampiamente usati in diverse procedure sperimentali per quanto riguarda la biologia molecolare e l'ingegneria genetica. Benzonasi e DNasi sono due tipi di nucleasi. Benzonasi è coinvolta nel degradare sia il DNA che l'RNA, mentre la DNasi è coinvolta nella separazione del DNA a doppio filamento. Questa è la differenza di base tra la benzonasi e la DNase. Attualmente, entrambi questi tipi di nuclease sono prodotti attraverso la tecnologia del DNA ricombinante che produce un enzima di qualità superiore ottimizzato per la massima produzione.	Scarica la versione PDF di Benzonase vs DNase

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Riferimenti:

1. "Deoxyribonuclease I da pancreas bovina D5025. "Sigma-Aldrich, disponibile qui. Accesso al 19 settembre 2017.

2. "Deossiribonucleasi II. "Deoxyribonuclease II - manuale di Enzyme di Worthington, disponibile qui. Accesso al 19 Settembre 2017.

Immagine per gentile concessione:

1. "DNAse site ipersensibile" Da Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et al. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et al. (2012) Correlazione tra DNasi I Distribuzione dei siti ipersensibili e espressione di geni nelle cellule HeLa S3. PLoS ONE 7 (8): e42414. doi: 10. 1371 / rivista. pone. 0042414 (CC BY-SA 2.5) tramite Wikimedia Commons