Differenza tra sequenza di microarray e RNA | Microarray vs RNA Sequencing

Differenza chiave - Microarray vs RNA Sequencing

Il transcriptome rappresenta l'intero contenuto di RNA presente in una cellula comprendente mRNA, rRNA, tRNA, RNA degradato e RNA nondegradato. Il trascritto del profilo è un processo importante per capire le intuizioni delle cellule. Ci sono diversi metodi avanzati per la profilazione del transcriptome. Il sequenziamento di Microarray e RNA sono due tipi di tecnologie sviluppate per analizzare il trascritto. La differenza fondamentale tra la sequenza di microarray e RNA è che il microarray si basa sul potenziale di ibridazione di sonde predeterminate etichettate con sequenze di cDNA target mentre il sequencing di RNA si basa sul sequenziamento diretto di fili cDNA mediante tecniche avanzate di sequenziamento come NGS. Microarray viene eseguito con la conoscenza preliminare delle sequenze e il sequencing di RNA viene eseguito senza la conoscenza preliminare di sequenze.

SOMMARIO

1. Panoramica e differenza chiave

2. Che cosa è Microarray

3. Che cosa è RNA Sequencing

4. Confronto laterale - Microarray vs RNA Sequencing

5. Sommario

Che cosa è Microarray?

Microarray è un metodo robusto, affidabile e ad alto rendimento utilizzato per la profilazione del trascrittometro da parte degli scienziati. È l'approccio più diffuso per l'analisi delle trascrizioni. È un metodo a basso costo, che dipende dalle sonde di ibridazione.

La tecnica inizia con l'estrazione del mRNA dal campione e la costruzione della libreria cDNA da RNA totale. Quindi viene mescolato con sonde predomati a fluorescenza su una superficie solida (matrice spot). Le sequenze complementari ibridano con le sonde etichette nel microarray. Poi il microarray viene lavato e schermato, e l'immagine viene quantificata. È necessario analizzare i dati raccolti per ottenere i relativi profili di espressione.

L'intensità delle sonde di microarray è presumibilmente proporzionale alla quantità di trascrizioni del campione. Tuttavia, l'accuratezza della tecnica dipende dalle sonde progettate, dalla conoscenza preliminare della sequenza e dall'affinità delle sonde per l'ibridazione. Quindi la tecnologia microarray ha limitazioni. La tecnica Microarray non può essere eseguita con trascritti di abbondanza abbondante. Non riesce a differenziare le isoforme e identificare le varianti genetiche. Poiché questo metodo dipende dall'ibridazione delle sonde, alcuni problemi legati all'ibridazione quali cross-ibridazione, ibridizzazione non specificata ecc.si verifica in tecnica microarray.

Figura 01: Microarray

Che cosa è il sequencing di RNA?

La sequenza di fucile di RNA (

RNA seq

) è una tecnica di sequenziamento transcriptome interamente sviluppata di recente. È un metodo di trascrizione rapido ed elevato di trascrizione. Essa direttamente quantifica l'espressione dei geni e provoca un'indagine approfondita del trascrittome. Seq RNA non dipende da sonde predisposte o da conoscenze precedenti delle sequenze. Pertanto, il metodo RNA seq ha un'elevata sensibilità e capacità di rilevare nuovi geni e varianti genetiche. Il metodo di sequenza RNA viene eseguito attraverso diversi passaggi. L'RNA totale della cellula deve essere isolato e frammentato. Quindi, utilizzando la reversa transcriptasi, è necessario preparare una libreria cDNA. Ogni filo di cDNA deve essere legato con adattatori. Quindi i frammenti ligati devono essere amplificati e purificati. Utilizzando infine un metodo NGS, deve essere eseguito il sequenziamento del cDNA. Figura 02: RNA Sequencing

Qual è la differenza tra il sequenziamento di Microarray e RNA?

- differenza articolo prima della tabella ->

Microarray vs RNA Sequencing

Microarray è un metodo robusto, affidabile e ad alta produttività.

Il sequenziamento di RNA è un metodo preciso e ad alto rendimento.
Costo	Questo è un metodo a basso costo.
Questo è un metodo costoso.
Analisi di un gran numero di campioni	Ciò facilita l'analisi di un gran numero di campioni contemporaneamente.
Questo facilita l'analisi di un gran numero di campioni.
Analisi dei dati	L'analisi dei dati è complessa.
Più dati vengono generati in questo metodo; di conseguenza, il processo è più complesso.
Prima conoscenza delle sequenze	Questo metodo è basato su sonde di ibridazione, quindi conoscenza preliminare delle sequenze richieste.
Questo metodo non dipende dalla conoscenza della sequenza precedente.
Variazioni strutturali e geni nuovi	Questo metodo non è in grado di rilevare variazioni strutturali e nuovi geni.
Questo metodo può rilevare variazioni strutturali come fusione di geni, splicing alternativi e nuovi geni.
Sensibilità	Questo non riesce a rilevare le differenze nell'espressione delle isoforme, quindi questa ha una sensibilità limitata.
Questo ha un'alta sensibilità.
Risultato	Ciò può solo determinare livelli di espressione relativi. Questo non dà quantificazione assoluta dell'espressione genica.
Dà livelli di espressione assoluti e relativi.
Reanalisi dei dati	Questa operazione deve essere rieseguita per riesaminare.
I dati di sequenza possono essere riesaminati.
Necessità di personale e infrastrutture specifiche	Per microarray non sono necessarie infrastrutture e personale specifiche.
Infrastrutture e personale specifici richiesti per sequenziamento RNA.
Problemi tecnici	La tecnica di Microarray ha problemi tecnici come la cross-ibridazione, l'ibridazione non specifica, il tasso di rilevazione limitata di singole sonde, ecc.
La tecnica RNA seq evita problemi tecnici come cross-ibridazione, ibridizzazione non specificata, limitata tasso di individuazione di singole sonde, ecc.
Biases	Questo è un metodo parziale in quanto dipende dall'ibridazione.
La bias è bassa rispetto al microarray.
Sommario - Microarray vs RNA Sequencing	I metodi di sequenziamento Microarray e RNA sono piattaforme di trasmissione ad alta velocità sviluppate per la profilazione del trascrittometro. Entrambi i metodi producono risultati fortemente correlati ai profili di espressione genica. Tuttavia, il sequenziamento di RNA ha vantaggi rispetto al microarray per l'analisi dell'espressione genica. Il sequenziamento di RNA è un metodo più sensibile per la rilevazione di trascrizioni basse di abbondanza di microarray. Il sequenziamento di RNA consente anche la differenziazione tra le isoforme e l'identificazione delle varianti geniche. Tuttavia, il microarray è la scelta comune della maggior parte dei ricercatori poiché la sequenza di RNA è una tecnica nuova e costosa con sfide di memorizzazione dei dati e analisi complesse dei dati.

Riferimenti:

1. Wang, Zhong, Mark Gerstein e Michael Snyder. "RNA-Seq: uno strumento rivoluzionario per transcriptomics. "Recensioni sulla natura. Genetica. U. S. National Library of Medicine, gennaio 2009. Web. 14 marzo 2017

2. Rogler, Charles E., Tatyana Tchaikovskaya, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert e Leslie E. Rogler. "Microarray di espressione RNA (REMs), un metodo ad alto rendimento per misurare le differenze nell'espressione genica in diversi campioni biologici. "Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 01 gennaio 2004. Web. 15 marzo 2017

3. Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo e Xuejun Liu. "Confronto tra RNA-Seq e Microarray nella profilazione del transcriptome delle cellule T attivate. "PLOS ONE. Biblioteca pubblica della scienza, gennaio 2014. Web. 15 Mar. 2017

Immagine gentile:

1. "Rivista. pcbi. 1004393. g002 "Di Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2. 5) via Wikimedia Commedia

2. "Microarray" di Bill Branson (Fotografo) - National Cancer Institute (Public Domain) via Wikimedia Commedia Wikimedia